ปัจจุบันโรงพยาบาลเจ้าพระยาอภัยภูเบศรเป็นโรงพยาบาลนำร่องที่ใช้การแพทย์แผนไทยมีการพัฒนาวิจัยและผลิตยาสมุนไพรหลายชนิดโดยตั้งมูลนิธิโรงพยาบาลเจ้าพระยาอภัยภูเบศรขึ้นมาเพื่อจำหน่ายผลิตภัณฑ์ โดยจะแบ่งกำไรร้อยละ70 ให้โรงพยาบาลเป็นค่าใช้จ่ายทางการแพทย์ ส่วนอีกร้อยละ 30 เป็นของมูลนิธิที่จะใช้ในการพัฒนาสมุนไพรและดำเนินกิจกรรมเพื่อสังคม
ปัจจุบันมูลนิธิมีรายได้ปีละ 300 ล้านบาท รายได้หลักมาจากการจำหน่ายในประเทศและบางส่วนส่งออกไปประเทศจีน ออสเตรเลีย
